Le profondità oceaniche, nonostante la pressione dell'acqua raggiunga valori estremi e non ci sia luce solare, sono anch'esse abitate da animali marini, altamente specializzati per la sopravvivenza in tali ambienti.
Il punto più profondo mai registrato è la Fossa delle Marianne, nell'Oceano Pacifico vicino alle Filippine, che arriva fino a 10 994 ± 40 m metri di profondità.
Nonostante le condizioni estreme la spedizione del batiscafo Trieste, nel 1960, trovò alcuni esemplari di Soleidae e di gamberi.
Altre fosse oceaniche degne di nota sono il Monterey Canyon, nell'Oceano Pacifico, profondo fino a 3 600 m, la Fossa di Tonga (che si spinge fino a 10 882 m), la Fossa delle Filippine (10 497 m), la Fossa di Porto Rico (8 380 m), la Fossa di Java (7 450 m), la Fossa delle Sandwich Australi (8 428 m).
In generale il mare profondo viene considerato tale a partire dalla zona afotica, cioè da dove la luce solare non riesce più a penetrare; in tale zona l'unico tipo di luminosità è quella biologica. Molte delle creature che vivono a tali profondità infatti hanno la capacità di emettere luce, sia per attirare le prede che per nutrirsi.
La maggior parte della vita nelle profondità oceaniche si accumula in prossimità delle dorsali oceaniche, spesso in corrispondenza delle fumarole nere (o black smoker), delle bocche idrotermali che come oasi attirano la vita supportando biomi unici: gli Archaea, ad esempio, per sopravvivere devono convertire il calore estremo (oltre 250 °C, talvolta oltre 400 °C) e le esalazioni di metano e zolfo in energia, tramite un processo di chemiosintesi.
Altri organismi a loro volta si nutriranno di loro in modo da creare una catena alimentare che possa fornire sostentamento anche a grandissime profondità.
Alcuni tipici adattamenti a queste profondità solo la colorazione pressoché uniforme (grigia o nera e rossa negli invertebrati, che tende a mimetizzare l'animale) e la presenza di occhi di dimensioni molto grandi, che permettano la visione anche in condizioni di luce pressoché assente. Va detto però che oltre i 2000 metri di profondità questo adattamento, in quanto la luce è assente, viene sostituito dall'atrofia o dall'assenza di questi organi.
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